長仙寺の通常の祈祷法は、多賀壽命尊の本地仏阿弥陀如来を本尊とする阿弥陀法が基本となっています。導師が座る正方形の檀にある宝塔に本尊を潅頂し、本尊の阿弥陀如来と阿弥陀如来を本地仏とする多賀壽命尊の加持力を、所願を祈る参拝の皆さまに加持感応させて成就すべく祈祷します。

　本尊阿弥陀如来の他に、不動明王、愛染明王の忿怒尊の力も借りて、厄を除き福を招くお祈りをします。お祈りをするときには、本尊阿弥陀如来の阿弥陀如来根本陀羅尼、阿弥陀如来真言、薬師如来真言、不動明王真言、愛染明王真言の他に、安産の御祈祷の時には易産生陀羅尼、学業成就の際には文殊菩薩真言等を唱えます。安産や学業の御祈祷の際には、施主名を真言の後に加えて唱えます。
　なお、初参りのお子様、虫封じのお子様には、檀の隣りに来て頂いて、直接お加持する場合もあります。

　また、毎月15日の午後4時から、同じ場所で護摩木を焚きあげる護摩祈祷を行います。護摩祈祷は、どなたでもお参りできます。ただし、通常の御祈祷よりも時間がかかります。なお、この護摩祈祷の時に炊き上げる護摩木は、壽命殿前にありますので、願い事とお名前を書いてください。護摩木は一本300円です。